知菌知病——宏基因组精准健康的未来

人体共生微生物已被证实与多种复杂疾病有关，对共生菌群的研究，不仅可以规范个人健康管理，也能为公共卫生政策的制定提供指导。本书主要围绕人体共生微生物的致病机理，讲述从出生到衰老的各个阶段，人体各部位（肠道，口腔/呼吸道，皮肤及生殖道）的共生微生物如何随着环境、饮食、免疫反应等发生改变。书中介绍了微生物中包含了哪些对预测疾病风险有帮助的信息，讨论了随着高通量测序的成熟，微生物关联分析实验的设计原则，例如微生态，因果推断等。每章配有开放性的思考题，用来启发读者结合自身领域，思考宏基因组学潜在的应用场景。

李莹，重庆师范大学生物化学与分子生物学硕士，从事基因组学与宏基因组学科研项目管理工作十余年，作为致力于宏基因组学领域前沿技术开发与应用研究顶级团队的一员，多次撰写校对本领域研究材料，对如何向广泛的受众传达细致专业的基因组学知识有独道深刻的认知和理解。

第1章 超有机体——微生物与宿主共生 1

1.1 溯古追源——新技术带来的新发现 1

1.2 人体内有多少微生物细胞？ 8

1.3 人体中的病毒微粒 14

1.4 其他物种中的微生物组 15

1.5 来自远古的微生物组 15

1.6 总结 18

第2章 微生物群落生态 21

2.1 宏观生态学中的营养级 21

2.2 微生物群落稳定性、多样性及丰富度 22

2.3 皮肤微生物的几种不同生境 27

2.4 影响口腔微生物的因素 29

2.5 一个稳定的肠道菌群 32

2.6 肠型和塞伦盖蒂法则 38

2.7 总结 41

第3章 宏基因组样本收集 55

3.1 样本中非微生物的部分，会影响DNA提取和测序量 55

3.2 对于粪便及生物量较低的宏基因组，要注意减少采样过程中

每一步的污染 57

3.3 采样后，防止微生物增殖的试剂 62

3.4 对于宏基因组样本的DNA提取方法 63

3.5 测序量 64

3.6 分类和功能概况，以及绝对丰度 65

3.7 宏基因组关联分析的样本量 66

3.8 总结 69

第4章 人体中的流行病学 79

4.1 和新型冠状病毒疫情类比 79

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