R语言学术图表绘制：用GGPLOT2绘制顶级期刊图表

本书以R语言中的ggplot2包为核心，结合多种常用扩展包，系统讲解科研图表的构建逻辑与实现方法。内容涵盖软件环境配置、数据导入与整理、几何对象、美学映射、比例尺、坐标系以及主题设置等关键环节，全面覆盖科研可视化的核心流程。书中案例精选自Nature、Nature Communications、Nature Microbiology等国际顶级期刊，基于其公开发表的真实数据进行改编，深入讲解柱状图、散点图、箱线图、热图、Circos图、桑基图与网络图等多种常用科研图形的绘制方法，帮助读者在真实的科研语境中掌握高质量图表的构建能力与可视化思维。

闫俊安，长期从事生命科学领域的数据分析与可视化工作，专注于统计方法与开源工具在科研数据分析中的落地应用。通过运营微信公众号“R语言数据分析指南”，围绕真实科研问题，系统性分享数据分析的实践案例与经验总结，已累计吸引7万余名读者关注。

张嫣，英国伦敦国王学院营养学硕士，现就职于解放军总医院第一医学中心。长期从事肠道微生态与健康相关研究，具备扎实的实验研究基础与多队列微生态数据分析能力，擅长整合多源数据并实现科研成果的可视化呈现，已发表SCI论文13篇。

陈哲，江西农业大学畜牧学博士，现就职于江西农业大学猪遗传改良与种质创新全国重点实验室，师从中国科学院黄路生院士与陈从英研究员。主要研究方向为宿主–微生物互作，重点关注肠道微生物（如细菌）与宿主在健康和疾病状态下的相互作用机制，具备扎实的实验研究与多组学数据分析能力。

张灿刚，西安交通大学助理教授，中国抗癌协会会员，研究方向聚焦于老年肿瘤微环境中T细胞的功能调控。具备扎实的实验研究功底与丰富的生物信息学数据分析经验，已发表SCI论文30余篇。运营微信公众号“生信宝库”，持续分享生命科学领域前沿进展与科研方法。

第1章 R语言配置

1.1 安装R语言与RStudio

1.2 初识RStudio

1.3 安装与加载R包

第2章 R语言中的数据读取

2.1 设置R语言中的路径

2.2 readr包读取数据

2.3 保存中间变量

2.4 读取Excel格式数据

2.5 vroom高效读取数据

第3章 数据清洗

3.1 初识tidyverse家族

3.2 tibble包：现代数据框

3.3 tidyr包重塑数据

3.3.1 宽表转长表

3.3.2 长表转宽表

3.3.3 unite：多列合并

3.3.4 separate：拆列

3.3.5 separate_rows：展开数据行

3.4 dplyr包清洗数据

3.4.1 select列选择函数

3.4.2 group_by()分组函数

3.4.3 filter()行过滤函数

3.4.4 mutate()函数

3.4.5 rowwise()函数

3.4.6 slice()函数

3.4.7 dplyr包中的专职函数

3.4.8 summarise()函数

3.4.9 across()函数

3.5 stringr包

3.6 forcats包

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