云岭牛基因组与肌内脂肪沉积机理研究

本书以我国南方优良肉牛品种云岭牛为研究对象，围绕其基因组特征与肌内脂肪沉积机理开展系统研究。本书综合运用全基因组重测序、全基因组关联分析、转录组学、生物信息学等现代生物技术，完成云岭牛首次染色体级别基因组组装与功能注释，系统挖掘并解析了调控背最长肌肌内脂肪沉积的关键基因、信号通路与分子机制；在此基础上构建云岭牛基因组数据库平台，形成集数据存储、可视化浏览、序列比对、资源下载于一体的科研支撑工具。研究成果为云岭牛遗传改良、种质创新提供理论与技术支撑，助力南方肉牛产业高质量发展及乡村振兴。
本书兼具学术创新性与产业应用价值，可供动物遗传育种、肉牛养殖、生物信息学、计算机科学交叉学科等领域科研人员、教师及研究生参考。

无

第1章 绪论 1
1.1 云岭牛基因组研究进展 3
1.2 云岭牛肉品质相关研究进展 8
1.3 牛肉品质的遗传、调控机理研究进展 9

第2章 云岭牛基因组组装与注释 13
2.1 方法与技术路线 14
2.1.1 样本采集与数据来源 14
2.1.2 基因组测序与分析策略 14
2.2 基因组图谱构建结果与解析 21
2.2.1 测序数据质控 21
2.2.2 基因组Survey 22
2.2.3 基因组组装、校正、挂载 23
2.2.4 基因组组装质量评估 27
2.2.5 基因组结构注释 31
2.2.6 基因组功能注释 38
2.2.7 基因组注释结果综合评估 81

第3章 云岭牛背最长肌肌内脂肪沉积机理研究 87
3.1 方法与技术路线 88
3.1.1 样本采集与分组 88
3.1.2 转录组学分析流程 89
3.2 肌内脂肪沉积相关基因分析 91
3.2.1 测序数据质控 91
3.2.2 与参考基因组比对 93
3.2.3 基因结构优化与新基因发掘 96
3.2.4 基因表达量分析 99
3.2.5 差异表达基因分析 102
3.2.6 差异表达基因富集分析 110

第4章 云岭牛基因组数据库平台构建 121
4.1 云岭牛基因组数据库平台设计框架 122
4.2 云岭牛基因组数据库平台构建技术方法 123
4.2.1 核心数据资源 123
4.2.2 实现技术与架构 123
4.3 云岭牛基因组数据库平台实现与应用 124
4.3.1 云岭牛基因组数据库平台首页 124
4.3.2 基因组信息及科研进展情况页面 124
4.3.3 基因组浏览器功能界面 125
4.3.4 数据下载页面 128
4.3.5 Blast在线分析 129

第5章 总结与展望 131
5.1 云岭牛基因组组装与注释 132
5.2 云岭牛背最长肌肌内脂肪沉积机理 132
5.3 未来研究方向 134

参考文献 135

英文缩略表 141